Kościół zbudowany został w latach 1830-37 według projektu Karola Fryderyka Schinkla. Jest to kościół halowy, późnoklasycystyczny, z dwoma wieżami od frontu. Do 1945 roku był kościołem ewangelickim. Gmina ewangelicka w Braniewie pierwszy raz została wymieniona w 1527. Powstała na nowo w 1773 r., a nabożeństwa odbywały się początkowo w ratuszu staromiejskim.
W 1786 r. adaptowano na zbór ratusz nowomiejski. W 1828 r. król pruski ofiarował pewne sumy na budowę świątyni, później prace realizowano z funduszy państwowych i składek gminy ewangelickiej. Kościół ocalał prawie niezniszczony z pożogi wojennej.